SCImago Journal & Country Rank
This journal is a member of, and subscribes to the principles of, the Committee on Publication Ethics (COPE)
2011, Volume 27, Number 2, Page(s) 106-109    
[ Abstract (English) ] [ PDF ] [ Similar Articles ]
DOI: 10.5146/tjpath.2011.01057
Patoloji Pratiğinde Yeni Bir Çare Uygulaması: Örnek Karışıklığına Moleküler Çözüm
Hüseyin BALOĞLU1, Nuri YİĞİT2
1Department of Pathology, GATA Haydarpaşa Education Hospital, İSTANBUL, TURKEY
2Department of Pathology, GATA, Faculty of Military Medicine, ANKARA, TURKEY
KEY WORDS : Doku aidiyeti tayini, DNA tek zinciri konformasyon farklılığı, Kısa tekrar bölgeleri

Amaç: Patoloji pratiğinde, tüm önlemlere rağmen, nadir de olsa tanı örneğinin ‘aidiyeti' konusunda kuşkular yaşanmaktadır. Bu durumun istenmeyen sonuçlara yol açma potansiyeli taşıdığı kuşkusuzdur. Bu çalışmada, tanı örneklerinin karışıklığı kuşkusunu gidermeye ve örneklerin ‘aidiyetini' belirlemeye yönelik bir uygulama tanımlanmıştır.

Gereç ve Yöntem: Genomda tanımlı kısa tekrar bölgelerinden (STR) CSF1PO, TH01, TPOX, D3S1358, D5S818, D7S820, D8S1179, D13S317, D16S539 ve Penta E'yi içeren biyoinformatik ayrım gücü yüksek ve uygulanabilirliği kolay bir kombinasyon seçilmiştir. Olası tanı materyali karışıklığı, iki farklı kişiye ait 3 doku örneği üzerinden model 1, model 2 ve model 3 olarak 3 farklı durumda kurgulanmıştır. Seçilen dokulardan A (tükürük bezi) ve B (çizgili kas) kodlu olanlar aynı kişiye, C (uterus duvarı) kodlu olan ise farklı bir kişiye aittir. Modellerden ilkinde karışıklık yoktur (M1: A/B). İkincisinde 2 tanı materyali arasında karışıklık vardır (M2: B/C). Sonuncuda ise 2 kişiye ait 3 tanı materyali arasında karışıklık vardır (M3: A/B/C). Örneklerden DNA ekstraksiyonu yapılmış ve her bir STR için özel primerlerle hedeflerin ayrı ayrı PCR amplifikasyonu yapılmıştır. Amplikonlar kimyasal denatürasyondan sonra, DNA tek zincirinin konformasyon farklılığına (SSCP) dayalı ayrım için poliakrilamid jel matrikste elektroforeze tabi tutulmuştur. Bu matrikste her STR için oluşan özgün konformasyon paternlerinin ‘aynı/farklı olma' prensipine göre, M1, M2 ve M3 modellerindeki tanı materyalinin aidiyeti irdelenmiştir.

Bulgular: M1, M2 ve M3 modellerinin her birinde 10 ayrı STR SSCP paterni değerlendirilerek, tükürük bezi, çizgili kas ve uterus duvarı örnekleri tek tek ayırt edilebilmiştir.

Sonuç: Tanı örneği karışıklığını çözmeyi amaçlayan bu uygulama basit ve ucuz bir SSCP uygulamasıdır ve ne kadar etkili çalıştığı olası model karışıklıklarında gösterilmiştir.


[ Abstract (English) ] [ PDF ] [ Similar Articles ]